# 2000年
ソフトウェア開発部門を分社化
アミューズメント施設運営部門を地域会社5社に分社化
それぞれセガアミューズメント東日本、セガアミューズメント東京、
セガアミューズメント東海、セガアミューズメント関西、
セガアミューズメント西日本に
商号、株式会社セガに変更
大川功、代表取締役会長兼社長就任
# 2001年
家庭用ゲーム機製造販売から撤退
佐藤秀樹、代表取締役社長就任
不当に解雇したり賃金カットした社員18名が起こした訴訟に対し、これら行為を撤廃する方向で和解
# 2002年
Xbox互換業務用汎用CGボードChihiro発表
ニンテンドーゲームキューブ互換業務用汎用CGボードTRIFORCE発表
セガアミューズメント地域会社5社、合併し株式会社セガアミューズメントに
# 2003年
開発子会社のオーバーワークスとワウ・エンタテインメントが合併し、セガワウへ社名変更
ユナイテッド・ゲーム・アーティスツをソニックチームへ、セガ・ロッソをヒットメーカーに統合
筆頭株主がCSKからサミーに変更
小口久雄、代表取締役社長就任
# 2004年
開発子会社のセガワウ、SEGA-AM2、ヒットメーカー、アミューズメントヴィジョン、スマイルビット、ソニックチーム、デジタルレックスをセガ本体へ統合
サミーと経営統合、セガサミーホールディングス設立
# 2005年
株式会社セガアミューズメントをセガ本体へ統合