1970年代までの、規制による保護がされていた時代の労働側（とりわけ乗員組合）の既得権が尾を引いているのか、鉄道等の他の交通機関と異なり、2006年時点でも労使問題がこじれ、ストライキに突入することが多い。職種等によって組合が分立しているのも、他の業界にはあまり見られないことである。円滑な労使関係の維持確保は日本の航空会社にとって重要な経営問題の一つとなっている。
1997年以降の規制緩和によるコスト削減が影響しているのか、老舗日本航空における経営陣の対立、整備ミス、運行ミスなどが相次いで明らかになっており、国土交通省が何度も検査や注意を行っている。一方、新興のスカイマークにおいても、整備士などの大量退職などで整備ミスなどが何度も発覚し、国土交通省が監査を行っている。